Русские начали осваивать Дальний Восток и побережье Тихого океана еще в XVII веке. Первое известное плавание по Охотскому морю совершил казачий отряд Ивана Юрьевича Москвитина в 1639–1640 годах. В 1645 году в трехмесячное плавание вдоль юго-западного берега Охотского моря отправилась экспедиция Василия Даниловича Пояркова. В 1648–1649 годах от Колымы до Камчатки и далее до Анадыря ходил отряд Семена Ивановича Дежнева. В 1649-м казаки заложили острог, сейчас известный как город Охотск.
На новых землях у русских поселенцев были неспокойные соседи: местные племена, китайцы, манчжуры, которые устраивали периодические нападения. Для защиты растущего населения и торговли требовалась военная сила. Поэтому в 1716 году в Охотске был основан военный порт. В том же году там построили ладью «Восток» — первый российский военный корабль на Тихом океане. В 1716–1717 годах «Восток» совершил первое плавание от Охотска до Камчатки. В последующие годы было построено еще несколько кораблей, которые ходили усмирять местное население, отправлялись в исследовательские походы. В ходе первой экспедиции Витуса Беринга судно «Фортуна» впервые прошло Первым Курильским проливом, а парусник «Святой Гавриил» достиг берегов Америки.
Для дальнейшего укрепления России на Дальнем Востоке 21 мая (10 по ст. ст.) 1731 года, во время правления императрицы Анны Иоанновны указом Сената была учреждена Охотская военная флотилия с базой в Охотске. Ее задачи заключались в охране рыбных промыслов и торговых путей, в переброске военных отрядов. Поскольку в XVIII — первой половине XIX века у России серьезных противников на Тихом океане еще не было, то и силы флотилии были невелики. Так, в середине XVIII столетия она насчитывала всего семь кораблей.
В 1849 году база флотилии была перенесена в Петропавловск-Камчатский, имевший порт с более удобной бухтой. Военные моряки отличились при героической обороне города в 1854 году, отразив нападение превосходящих сил англо-французского флота. Фрегат «Аврора» и транспорт «Двина» противостояли шести военным кораблям вражеской эскадры, которые не смогли ни потопить, ни сколько-нибудь серьезно повредить русские суда.
Хотя город был спасен, опасность новых атак заставила перевести эскадру из Петропавловска в Николаевский Пост (Николаевск-на-Амуре). Эскадра была переименована в Сибирскую. В 1871 году главную базу флота на Тихом океане перенесли во Владивосток.
В 1904–1905 годах Сибирская военная флотилия участвовала в Русско-японской войне. Во время Первой мировой некоторые корабли Сибирской военной флотилии, в том числе крейсеры «Аскольд» и «Жемчуг», принимали участие в боевых действиях против Германии.
В советское время все военно-морские силы на Тихом океане были переименованы в Тихоокеанский флот с главными базами во Владивостоке и городе Советская Гавань.
В наши дни Тихоокеанский флот располагает мощной группировкой кораблей, среди которых крейсеры и другие суда, атомные подводные лодки, морская авиация, части сухопутных и береговых войск. Тихоокеанский флот, начало которому положил указ Анны Иоанновны от 21 мая 1731 года, как и прежде, служит обеспечению безопасности России в Азиатско-Тихоокеанском регионе.